Dentro de la oferta educativa del Instituto San Carlos y como estrategia que fortalezca los procesos de la Pastoral Pedagógica institucional, se ofrece a los estudiantes y público externo diferentes semilleros académicos para el desarrollo de habilidades en diferentes áreas del conocimiento, es por esto que se cuenta con semilleros como: Club de Historia y Geografía, profundización en laboratorios de química y física, Aula Omega del área de Matemáticas, Narrativa Literaria, Simulación de Naciones Unidas y cursos de Pre-saber, Preuniversitario y Camino a la U para estudiantes de grado noveno décimo y undécimo.